تعود البداية الفعلية للبحث العلمي إلى نهاية التسعينيات، بعد أن اقتصرت أنشطة الجامعة على التكوين الأكاديمي.
ابتداء من عام 2000 تم إنشاء مخابر البحث العلمي في مختلف التخصصات.
تحتوي جامعة فرحات عباس سطيف على 41 مخبرا ووحدة بحث تغطي جميع الميادين. تتمثل المهام الرئيسية للبحث العلمي الجامعي في دعم التكوين في الدكتوراه والماستر الذي تقدمه الكليات والمعاهد. بالإضافة إلى ذلك ، من بين أهداف الأنشطة البحثية هي الابتكار و البحث التطويري لفائدة القطاع الاجتماعي والاقتصادي.
في الوقت الحالي ، مكن منتوج البحث العلمي لجامعة فرحات عباس سطيف أن تكون من بين أهم الجامعات الجزائرية كما ونوعا.